Die Verarbeitung von Bio-Produkten findet heute mehrheitlich in Betrieben statt, welche auch konventionelle Produkte herstellen. Das stellt besondere Anforderungen an Warenflüsse, Kontrolle und Zertifizierung. Die andere Herausforderung liegt im Verfahrensbereich, insbesondere, wenn Labelprodukte hergestellt werden sollen, für welche lebensmitteltechnologische Restriktionen gelten.